Molecular Evolution Of Bactericidal/Permeability-Increasing Protein (BPIFA1) Regulating Innate Immune Responses in Mammals Part 1
May 29, 2023
Abstract:
Bactericidal / permeability-nce protein, yog ib qho tseem ceeb ntawm lub cev tiv thaiv kab mob ntawm cov tsiaj nyeg, koom nrog kev tiv thaiv ntuj tiv thaiv kab mob invading. BPIFA1 nquag pab txhawb rau kev tiv thaiv tus tswv ntawm ntau lub tswv yim, xws li tshuaj tua kab mob, surfactant, kev tswj cov kua hauv cov hlab pa, thiab kev ua haujlwm tiv thaiv kab mob. Txawm li cas los xij, keeb kwm evolutionary thiab xaiv rog ntawm BPIFA1 noob nyob rau hauv cov tsiaj nyeg thaum hloov pauv hloov pauv tsis zoo. Txoj kev tshawb no tau tshuaj xyuas BPIFA1 noob ntawm tib neeg piv nrog rau lwm hom tsiaj txhu los kwv yees qhov kev xaiv siab los ntawm kev hloov pauv hloov pauv. Txhawm rau ntsuas seb puas muaj kev xaiv zoo los yog tsis zoo, peb ua haujlwm ntau qhov kev xeem sib txawv (M1 vs. M2 thiab M7 vs. M8).
Qhov kev faib ua feem ntawm qhov chaw xaiv tau zoo yog qhov tseem ceeb, nrog rau qhov muaj feem cuam tshuam tus nqi ntawm 93.63 rau BPIFA1 protein. Kev xaiv neeg rau zaub mov tau siv rau tib cov ntaub ntawv los lees paub qhov kev xaiv zoo rau cov chaw tshwj xeeb los ntawm kev ua haujlwm ntawm Mechanistic-Empirical Combination qauv, yog li muab pov thawj ntxiv los txhawb qhov kev tshawb pom ntawm kev xaiv zoo. Muaj pov thawj ntseeg tau rau cov cim xaiv zoo hauv BPIFA1 cov noob ntawm cov tsiaj txhu, uas yog qhov tseem ceeb rau cov cim xaiv thiab tsim cov cim.
BPIFA1 protein, tseem hu ua LPLUNC1 los yog Nasopharyngeal Carcinoma-associated Gene 6 (NAG6), yog cov protein uas tau nthuav tawm hauv cov hlab cua sab saud thiab qhov ncauj. BPIFA1 protein muaj feem cuam tshuam nrog kev tiv thaiv kab mob.
Cov kev tshawb fawb tau pom tias BPIFA1 protein muaj cov tshuaj tua kab mob thiab cov tshuaj tiv thaiv kab mob. BPIFA1 protein tuaj yeem khi rau qhov cuam tshuam Escherichia coli thiab rhuav tshem nws cov cell membrane, yog li ua lub luag haujlwm tiv thaiv kab mob. Tsis tas li ntawd, BPIFA1 cov protein ua lub luag haujlwm tiv thaiv kab mob los ntawm kev ua haujlwm hu xov tooj zoo li receptor (TLR) 4 thiab TLR2 txoj hauv kev, txhawb cov lus teb inflammatory, apoptosis, thiab kev tiv thaiv kab mob.
Kev sib raug zoo ntawm BPIFA1 protein thiab cov kab mob ua pa kuj tau kawm ntau heev. Piv txwv li, cov kev tshawb fawb tau pom tias qhov qhia txog qib BPIFA1 protein nyob rau hauv cov kab mob ua pa xws li mob hawb pob bronchial hawb pob thiab mob ntsws obstructive pulmonary disease (COPD) yog ze ze rau qhov mob hnyav. Tshwj xeeb tshaj yog nyob rau hauv cov kab mob, cov lus qhia theem ntawm BPIFA1 protein tuaj yeem nce ntxiv, yog li koom nrog hauv kev tswj hwm kev ua pa ntawm lub cev tiv thaiv kab mob thiab cov nroj tsuag sib npaug.
Yog li ntawd, lub luag haujlwm ntawm BPIFA1 protein nyob rau hauv lub cev tiv thaiv kab mob tsis tuaj yeem tsis quav ntsej, thiab nws txoj kev sib raug zoo nrog cov kab mob ua pa thiab kab mob yuav tsum tau kawm ntxiv rau qhov tob. Yog li ntawd, peb yuav tsum tau xyuam xim tshwj xeeb los txhim kho peb txoj kev tiv thaiv. Cistanche muaj txiaj ntsig zoo rau kev txhim kho kev tiv thaiv. Cov polysaccharides hauv cov nqaij tuaj yeem tswj hwm kev tiv thaiv kab mob ntawm tib neeg lub cev tiv thaiv kab mob, txhim kho kev ntxhov siab ntawm lub cev tiv thaiv kab mob, thiab ntxiv dag zog rau lub cev tiv thaiv kab mob. bactericidal nyhuv.
Nyem kom paub cistanche tag nrho cov zaub mov
Peb tau ua qhov kev ntsuam xyuas qhov tshwm sim piv rau ntau yam qauv raws li dN / dS piv kom paub txog cov codons tshwj xeeb hauv kev xaiv qhov zoo. Peb tau txheeb xyuas qhov chaw xaiv tau zoo hauv LBP-BPI sau ntawm BPIFA1 cov proteins hauv cov tsiaj txhu genome, suav nrog cov lipid-binding domain nrog cov qib siab ntawm kev xaiv rau DPPC. BPIFA1 ua rau lub ntsws sab sauv lub cev tiv thaiv kab mob hauv lub cev los teb rau ntau cov cim caj ces hauv cov tsiaj txhu genome. Cov kev tshawb pom no qhia txog kev hloov pauv hloov pauv hauv kev tiv thaiv kab mob tiv thaiv kab mob uas ua lub luag haujlwm tseem ceeb hauv kev tiv thaiv kab mob thiab tshuaj tiv thaiv kab mob ntawm hom tsiaj.
Ntsiab lus:
BPIFA1; bactericidal; tiv thaiv kab mob; molecular evolution; xaiv qhov zoo.
1. Taw qhia
Bactericidal permeability-increasing protein (BPI) yog ib qho tshuaj tiv thaiv kab mob zoo heev uas khi thiab neutralizes lipopolysaccharides tso tawm los ntawm cov kab mob sab nrauv [1]. BPI fold-muaj tsev neeg A tus tswv cuab 1 (BPIFA1) noob paub tias muaj kev cuam tshuam rau lub cev tiv thaiv kab mob hauv zos, thiab cov teebmeem no tuaj yeem cuam tshuam rau kev loj hlob thiab kev cuam tshuam ntawm cov kab mob [2]. Ib qho ntawm cov txheej txheem muaj peev xwm ua kom pom qhov txuas no yog lub peev xwm ntawm BPIFA1 txhawm rau txhim kho qhov nqus ntawm cov kab mob los ntawm phagocytic hlwb thiab lawv lub peev xwm los rhuav tshem lawv [3].
Txawm hais tias lawv muaj qhov sib txawv me me, BPI muaj ob lub ntsiab lus uas tau txais tib yam qauv fold [1,4]. Invading Gram-negative kab mob ua rau muaj kev sib koom ua ke cov lus teb tau yooj yim los ntawm qhov muaj lipopolysaccharide-binding protein (LBP). LBP yog ib qho endotoxin-binding protein txuas nrog thiab koom tes nrog BPI [5]. BPIFA1 tswj cov mucosal microbiota thiab lub hauv paus interferon signaling. SPLUNC1 (yav tas los hu ua BPIFA1) yog cov khoom noj muaj protein ntau hauv tsev neeg nrog cov kab mob tua kab mob, surfactant, thiab immunomodulatory kev ua ub no, txhua yam ua rau muaj kev tiv thaiv tus tswv. Cov kab mob ua pa yog qhov chaw tseem ceeb ntawm nws cov lus qhia [6]. SPLUNC1, tib neeg homolog ntawm nas gene PLUNC, nthuav tawm cov qauv qhia tib yam hauv cov hlab cua sab saud thiab cov chaw nasopharyngeal raws li nws cov nas homolog. Cov tshuaj tua kab mob tiv thaiv kab mob Gram-negative yog tso tawm los ntawm encoded antimicrobial protein [5]. Hauv cov qog nqaij hlav tsis me me hauv lub ntsws, nws tuaj yeem ua lub peev xwm molecular cim rau nrhiav micrometastasis. Ntau qhov sib txawv ntawm cov ntawv sau tau raug tshawb pom los ntawm qhov sib txawv ntawm qhov sib txawv ntawm 3' cheeb tsam tsis tau txhais; Txawm li cas los xij, qhov xwm txheej tag nrho ntawm tsuas yog peb ntawm cov ntawv teev lus sib txawv no tau nkag siab [7].
Ob leeg nas thiab tib neeg muaj cov theem tseem ceeb ntawm BPIFA1 noob qhia nyob rau sab sauv ntawm lub trachea, tab sis qhov kev qhia no ploj zuj zus nrog kev ncua deb ntawm lub trachea, mus txog qhov tsawg kawg nkaus ntawm qhov bifurcation ntawm lub ntsiab qia bronchi thiab ua undetectable nyob rau hauv lub ntsws 'periphery. [8]. Kev tshawb fawb ntau ntawm cov noob caj noob ces hauv cov nas thiab tib neeg tau ua tsis tiav los kuaj pom BPIFA1 hauv cov ntaub so ntswg peripheral [9]. Tsuas yog rau qib qis ntawm BPIFA1 mRNA qhia nyob rau hauv nas thymus, nas plawv, thiab olfactory mucosa, BPIFA1 tsis qhia nyob rau hauv ib lub cev los yog cov ntaub so ntswg sab nraum lub pa system ntawm nas [10]. Tsis muaj qhov qhia tau tias BPIFA1 mRNA muaj nyob rau hauv ib qho ntawm cov tib neeg cov ntaub so ntswg: lub plawv, siab, hlwb, plab, hnyuv, me me, placenta, skeletal leeg, pancreas, spleen, ib txwm lymph nodes, peripheral lymphocytes, prostate, testis, los yog ovary [11].
Kev nthuav qhia ntawm BPIFA1 mRNA ua raws li cov qauv kev faib tawm uas zoo sib piv hauv embryonic thiab cov neeg laus cov ntaub so ntswg. Cov qauv no tau pom nyob rau hauv ob hom ntaub so ntswg [1]. BPIFA1 overexpression nyob rau hauv transgenic nas ua alveolar macrophages nrog enhanced opsonization thiab phagocytosis ntawm carbon nanotubes nyob rau hauv ib tug qauv ntawm kev tswj txoj hlab cua o [12]. Tsis tas li ntawd, commensal Gram-negative nanobacteria tau pom tias muaj kev sib koom ua ke nrog BPIFA1 hauv cov cell epithelial ntawm cov ntaub so ntswg nasopharyngeal [13]. Cov qauv no tau muab coj los ntawm cov neeg mob uas yav dhau los tau txheeb pom tias muaj cov kab mob nasopharyngeal carcinoma. Qhov kev tshawb pom ntawm kev tshawb fawb tsis ntev los no tau qhia tias kev sib cuam tshuam ntawm BPIFA1 thiab tsis yog kab mob LPS tuaj yeem txo lub cev cov lus teb los ntawm LPS uas tsis yog kab mob. [1].
Qhov ntau ntawm nws cov tshuaj tua kab mob thiab kev khaws cia ntawm nws cov qauv hauv cov pa ua pa vertebrates txhais tau tias BPIFA1 tau hloov zuj zus los muab qhov tseem ceeb ntawm kev tiv thaiv tus tswv tsev [14]. Txawm li cas los xij, vim nws qhov chaw nyob hauv txoj kev sib thooj thiab nws cov qib siab nyob rau hauv cov xwm txheej basal, BPIFA1 yuav yog qhov tseem ceeb. Qhov no yog vim cov tshuaj tiv thaiv kab mob muaj ntau hauv cov tsiaj txhu [15]. Yog li ntawd, BPIFA1 zoo li muaj qhov cuam tshuam loj tshaj plaws hauv kev zam kev kis kab mob thiab tshem tawm nws ua ntej kev cuam tshuam ntawm cov kab mob. Cov kab mob kab mob hauv lub ntsws tuaj yeem tiv thaiv tau ua tsaug rau cov haujlwm no, uas tuaj yeem qhia txog kev ua kom lub cev tiv thaiv kab mob thiab txhim kho kev tswj hwm ntawm lwm txoj hauv kev ua pa [15].
Kev hloov pauv hauv cov lus teb rau ib puag ncig xav tau yog xav tias yuav txwv los ntawm biophysical yam, tab sis cov qauv ntawm cov chaw uas muaj cov kev hloov pauv tsis tuaj yeem kwv yees los ntawm ib qho kev xav ntawm kev hloov pauv [16]. Qhov no yog vim kev txwv biophysical txwv cov kev hloov pauv uas tau tso cai rau kev ua haujlwm ntawm cov protein kom tswj tau [17]. Kev xaiv zoo yuav muaj ntau dua nyob rau hauv seem ntawm cov proteins uas kev hloov pauv yuav tsum muaj qis dua li lwm qhov ntawm cov protein, txawm hais tias qhov no tsis tau muaj pov thawj (xws li cov chaw tswj hwm allosteric) [18]. Txawm li cas los xij, cov cheeb tsam ua haujlwm tau xav tias yuav nyob ruaj khov thaum lub sijhawm hloov pauv, txawm tias kev hloov pauv hloov tau cuam tshuam nrog kev kho sai ntawm kev hloov pauv tau zoo [19]. Lub molecular evolution ntawm protein sequences ho cuam tshuam los ntawm cov txheej txheem ntawm ntuj xaiv.
Kev txhim kho tsis ntev los no hauv genome sequencing thiab txhim khu kev qha inference txoj kev ntawm phylogenetic thiab cov pej xeem theem tau ua rau nws muaj peev xwm mus ua ib tug ceev thiab muaj zog ntsuam xyuas ntawm evolutionary tus nqi thiab adaptations uas yog tsav los ntawm natural xaiv [20]. Hauv ob qho tib si phylogenetic thiab cov pej xeem theem, muaj ntau txoj haujlwm tau ua los tsim cov txheej txheem inference. Tsis tas li ntawd, kev nkag mus tau yooj yim ntawm cov ntaub ntawv protein thiab cov ntaub ntawv ua haujlwm tau tso cai rau cov kws tshawb fawb los tshuaj xyuas qhov cuam tshuam ntawm cov qauv thiab kev ua haujlwm ntawm kev hloov pauv thiab hloov pauv ntawm cov protein ntau [16]. Vim yog cov kev txwv los ntawm lawv cov qauv thiab lawv cov dej num, cov nqi ntawm evolution thiab adaptation yog txawv rau ntau yam proteins thiab qhov chaw nyob rau hauv tib lub protein [19].
Feem ntau ntawm cov haujlwm ntawm tes yog cuam tshuam nrog cov kev tswj hwm kev sib txuas ntawm cov noob qhia uas ua rau cov kab mob tuaj yeem tiv taus cov kab mob siab dua lossis txo qhov cuam tshuam ntawm cov kab mob no [21]. Feem ntau ntawm cov khoom uas tsim cov cellular physiology yog intimately muaj feem xyuam rau cov noob qhia cov txheej txheem, uas feem ntau qub evolutionary adaptations [22]. Cov txheej txheem no tau kos ntau qhov kev txaus siab hauv kev tshawb fawb uas tau siv cov txheej txheem txwv ntawm hom kab mob uas muaj cov ntaub ntawv caj ces muaj [23]. Txawm li cas los xij, me ntsis paub txog cov txheej txheem uas ua rau muaj kev hloov pauv ntawm cov tshuab no lossis lawv hloov mus rau ntau qhov chaw ib puag ncig raws li kev loj hlob zuj zus.
Txoj kev tshawb no tsom mus tshawb xyuas lub hauv paus chiv keeb ntawm BPIFA1 noob los nthuav qhia nws cov yam ntxwv ntawm lub cev thiab siv cov genomics sib piv los muab kev ntsuam xyuas ntawm cov noob hauv ntau hom tsiaj. Peb tau ua qhov kev tshawb fawb tob tob ntawm cov kab mob bactericidal/permeability-increasing protein (BPIFA1) gene, uas tswj lub cev tiv thaiv kab mob hauv cov tsiaj, kom nkag siab zoo dua li cov noob no ua haujlwm. Muaj qhov ua tau tias kev xaiv siab yuav muaj txiaj ntsig zoo rau kev hloov pauv ntawm kev hloov pauv. Hauv txoj kev tshawb no, peb tshawb xyuas keeb kwm ntawm cov noob no hauv ntau hom kab mob vertebrate, nrog rau kev sib txawv ntawm caj ces thiab kev xaiv ntuj tau cuam tshuam rau kev loj hlob ntawm tsev neeg cov noob no li cas.
2. Cov ntaub ntawv thiab cov txheej txheem
2.1. Sequence Retrieval thiab Analysis
Cov amino acid thiab coding nucleotide sequences ntawm BPIFA1 noob nyob rau hauv 34 hom tsiaj, nrog rau tib neeg raws li hom siv nyob rau hauv txoj kev tshawb no, tau sau los ntawm GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank, nkag mus rau 20 Lub Cuaj Hli 2021), thiab lawv tau ua raws li siv Clusal Omega cuab yeej hauv MEGA 6 software [24]. Txoj kev ua tau zoo tshaj plaws tau siv hauv MEGA 6 software los tsim cov ntoo phylogenetic rau BPIFA1 noob. tsob ntoo no tau tsim los ntawm kev sib raug zoo ntawm cov noob caj noob ces. Qhov kev sim bootstrap suav qhov nruab nrab ntawm qhov hloov pauv ntawm ib qhov chaw thiab qhov nruab nrab ceg ntev los ntawm kev ua haujlwm siab tshaj plaws-zoo li txoj kev nrog 1000 rov ua dua los txiav txim siab txog kev sau se. Txoj kev no tau siv los xaiv ib qho topology rau cov log-zoo li qhov tseem ceeb [25,26]. Cov npe hom thiab cov lej siv tau los kawm BPIFA1 gene yog muab rau hauv Cov Lus Ntxiv S1.
2.2. Kev Xaiv Xaiv
Cov kev ua tau zoo tshaj plaws tau siv los sib piv qhov sib piv ntawm dN / dS rau txhua qhov chaw codon txhawm rau txheeb xyuas cov codons tshwj xeeb hauv cov noob caj noob ces BPIFA1 uas raug xaiv zoo [27,28]. CODEML raug tua nyob rau hauv PAML [29] thiab DATA MONKEY web server (https://www.datamonkey.org, nkag mus rau 29 Cuaj hlis 2021) [30] tau siv rau kev tshuaj xyuas, thiab cov txiaj ntsig tau raug xaiv los siv kev hloov pauv ntawm codons uas tau txiav txim siab siab dua 1 rau codons nyob rau hauv kev xaiv zoo. Thawj kauj ruam ntawm kev tshawb fawb no yog los txiav txim siab seb puas muaj kev xaiv zoo tshwm sim los ntawm kev siv qhov kev ntsuas siab tshaj plaws.
Qhov kev tshuaj ntsuam no tau txiav txim siab pom cov chaw nrog dN / dS piv ntau dua ib qho. Hauv txoj kev tshawb no, peb tau sib piv tus qauv tsis sib xws (generic) uas ua qhov haujlwm no nrog tus qauv null uas txwv tsis pub tshwm sim ntawm qhov chaw uas muaj nqi ntau dua 1 [31]. Kev txheeb xyuas tau muab piv nrog kev siv lub log muaj peev xwm (2∆l) faib nrog df=4. Lub null hypothesis (M7) tau lees tias qhov kev faib tawm tau raug khi los ntawm qhov muaj nuj nqis 0 thiab 1. Ib qho piv txwv (M8) nrog ob qhov tsis muaj, omega (ω) thiab beta (), tso cai rau qhov muab los ntawm tus nqi los ntawm cov ntaub ntawv, uas tej zaum yuav ntau dua 1 [27]. Kev tshuaj xyuas siv cov txiaj ntsig ruaj khov (FEL), ib qho txiaj ntsig zoo li poj koob yawm txwv suav (SLAC), thiab random effect likelihood (REL) txhua tus pom tias BPIFA1 noob tau raug xaiv zoo thaum lub ntiaj teb qhov tseem ceeb rau kev sib piv thiab tsis sib xws ntawm txhua qhov chaw tau muab piv. [32].
Qhov thib ob theem yog siv qhov kev kwv yees qhov siab tshaj plaws los nrhiav cov amino acid txoj haujlwm uas yog qhov kev xaiv zoo thoob plaws hauv evolution. Bayes theorem, uas kwv yees qhov tshwm sim tom qab ntawm qhov chaw uas raug xaiv zoo, tau siv los ua kom tiav lub hom phiaj no. Kev xaiv zoo tau raug pom zoo ua haujlwm ntawm cov chaw amino acid nrog qhov tshwm sim tom qab ntawm 95 feem pua rau 99 feem pua [33]. Amino acid residues uas muaj qhov tshwm sim siab tias tus nqi ntau dua ib qho raug rau cov txheej txheem xaiv. Tus qauv Swiss thiab Phyre 2 (http://www. sbg.bio.ic.ec.k/pyre/html, nkag mus rau 28 Cuaj hlis 2021) yog cov ntawv thov hauv web uas tso saib qhov chaw ntawm cov amino acids uas tau xaiv zoo rau cov qauv protein. [34].
Peb kwv yees qhov chaw ntawm evolutionary kev txuag ntawm nucleic acids thiab amino acids nyob rau hauv cov protein siv cov cuab yeej ConSurf (http://consurfest.tau.ac.il, nkag rau 28 Cuaj hlis 2021), uas yog raws li phylogenetic kev sib raug zoo ntawm sequences [ 35] ib. Qhov sib lawv liag ntawm codon ntawm BPIFA1 tau tshuaj xyuas hauv Selecton version 2.2 (http://secton.tau.ac.il, nkag mus rau 28 Cuaj hlis 2021), uas tso cai rau kev txiav txim siab qhov sib txawv ntawm ntau yam codons hauv cov kab ke ua ke. Cov piv txwv no tau ntsuas los ntawm kev siv Bayesian inference mus kom ze los ntawm ntau qhov kev ntsuam xyuas qhov tshwm sim. Qhov no tau ua kom paub meej tias qhov zoo xaiv codons [36]. Ntxiv mus, Cov txiaj ntsig Kev Xaiv tau pom nyob rau hauv ntau yam xim los qhia txog ntau yam kev xaiv.
2.3. Kev txheeb xyuas rov qab
Txhawm rau nrhiav cov pov thawj ntawm kev sib xyaw ua ke, peb tau ua cov txheej txheem xaiv cov qauv raws li qhov muaj feem cuam tshuam uas tuaj yeem sib cais los ntawm ntau qhov sib txuas sib txuas hauv kev tshawb nrhiav cov ntsiab lus thiab qhov chaw yuav rov ua dua DNA. Cov txheej txheem no siv cov txheej txheem genetic algorithm los tshawb nrhiav cov kev sib dhos ntawm ntau cov kab ke rau kev sib txuas ua ke kom ua tiav nws lub hom phiaj. Txoj hauv kev GARD yog qhov yooj yim rau kev nkag siab, yooj yim txuas ntxiv, thiab sib luag heev. Kev simulation ntau yam tau pom tias txoj kev ntaus lwm yam cuab yeej tam sim no hauv yuav luag txhua qhov xwm txheej, tshwj xeeb yog hais txog qhov tseeb.
Txhawm rau tshawb xyuas cov pov thawj ntawm kev sib xyaw ua ke, cov nucleotide sequences tau raug soj ntsuam thawj zaug txhawm rau txheeb xyuas cov haplotypes (Na) thiab kwv yees cov chaw polymorphic (S), qhov nruab nrab ntawm nucleotide sib txawv (K), thiab nucleotide ntau haiv neeg (π) siv DnaSP 5.10 software [37 ]. Kev tshawb nrhiav ntawm cov ntsiab lus tawg thiab kev ntsuam xyuas ntawm cov teeb liab sib txuas hauv cov nucleotide ib ntus tau ua tiav siv cov cuab yeej GARD online ntawm Datamonkey webserver [38]. Tsis tas li ntawd, siv GARD los tshuaj xyuas cov kab ke rau kev sib txuas ua ke kom ntseeg tau tias cov txheej txheem tsom rau kev txheeb xyuas cov kev xaiv zoo muaj cov txiaj ntsig zoo.
2.4. Protein-Protein Interactions Analysis
Ntau qhov kev txaus siab tau raug coj mus rau kev tshawb fawb txog kev sib cuam tshuam ntawm cov protein-protein yog khaws cia los ntawm ib hom mus rau lwm tus. Txij li thaum muaj ntau yam teeb meem hauv kev sim txheeb xyuas thiab kev pom zoo ntawm cov ntaub ntawv sib cuam tshuam, nws yuav yog qhov xav paub kom nkag siab txog PPI hloov los ntawm hom uas tau raug pov thawj hauv lwm hom [39]. STRING databank yog qhov chaw pub dawb bioinformatics uas muaj cov ntaub ntawv piav qhia tias cov proteins sib cuam tshuam li cas rau ib leeg ua ib feem ntawm ntau txoj hauv kev. Tus naj npawb ntawm cov kab txuas rau txhua qhov ntawm cov protein thiab qhov nruab nrab ntawm qhov sib txawv yog siv los txheeb xyuas cov kab nruab nrab, uas sawv cev rau cov proteins uas ua lub luag haujlwm tseem ceeb hauv kev noj qab haus huv thiab muaj kev sib raug zoo rau ib leeg. Kev tsim network tau ua tiav siv STRING thiab Cytoscape software (http://www.cytoscape.org, nkag rau 29 Cuaj hlis 2021) tau siv los tso saib lub network [40]. Los ntawm kev txheeb xyuas cov protein-protein kev sib cuam tshuam ntawm BPIFA1 ntawm cov kab mob tiv thaiv kab mob thiab kev sib tham qhia siv STRING version 9.1 (http://www.string-db.org, nkag mus rau 29 Cuaj hlis 2021), peb tuaj yeem txiav txim siab ntxiv seb BPIFA1 ua haujlwm li cas nyob rau theem molecular.
2.5. Kev txheeb xyuas cov qauv ntawm BPIFA1 Protein
Hauv qhov kev tshuaj ntsuam no, peb tau tsim cov qauv siv lead ua ntawm tib neeg BPIFA1 protein siv homology qauv nrog cov cuab yeej online, xws li Swiss qauv (http://swissmodel.expasy.org, nkag mus rau 29 Cuaj hlis 2021) [41], I-TESSAR [42], thiab Phyre2 (http://www.sbg. bio1.ic.ac.uk/phyre2/html, accessed on 29 September 2021) [43]. Txoj kev conjugate gradient thiab Amber quab yuam teb hauv UCSF Chimera 1.10.1 software tau siv los txo cov protein sib sau ua ke. Tsis tas li ntawd, ProSA webserver tau siv los ntsuas qhov stereochemical cov khoom ntawm cov qauv xav tau [22].
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